การใช้ปุ๋ยเคมีในการเพาะปลูกพืชมีความสะดวกสบายและเป็นประโยชน์ในการเพิ่มปริมาณผลผลิตของพืช แต่การใช้ปุ๋ยเคมีในปริมาณมากๆ หรือไม่เหมาะสมอาจมีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมและสุขภาพมนุษย์ได้ดังนี้
1.มีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อม
ปุ๋ยเคมีที่มีส่วนประกอบของไนโตรเจน (Nitrogen) และฟอสฟอรัส (Phosphorus) จะถูกนำเข้ามาจากต่างประเทศโดยใช้เชื้อเพลิงในการขนส่ง ทำให้เกิดปริมาณก๊าซเรือนกระจกเพิ่มขึ้น ซึ่งเป็นสาเหตุของการเพิ่มอุณหภูมิโลกรัมโลละหนึ่งของบรรยากาศ และเป็นอันตรายต่อสิ่งแวดล้อม
2.มีผลต่อสุขภาพมนุษย์
การใช้ปุ๋ยเคมีในปริมาณมากๆ สามารถส่งผลกระทบต่อสุขภาพมนุษย์ได้ เช่น การเกิดแรงดันโลหิตสูง การสะสมสารพิษในร่างกาย หรือการเกิดโรคเรื้อรัง เช่น มะเร็ง ซึ่งเกิดจากการรับประทานผลผลิตที่มีสารเคมีสูงเป็นเวลานาน
3.การเปลี่ยนแปลงคุณภาพดิน
การใช้ปุ๋ยเคมีในปริมาณมากๆ สามารถทำให้ดินเป็นกรดมากขึ้น ซึ่งจะทำให้พืชไม่สามารถดูดซึมได้